顯微鏡的操作步驟和結果是一個非常精細的過程，
倒置金相顯微鏡在使用前的調校工作很重要，主要有：調焦，視度調節，瞳距調節和燈泡更換這幾個步驟。
1、調焦。
將工作臺板放入底座上的臺板安裝孔內。觀察透明標本時，選用毛玻璃臺板；觀察不透明標本時，選用黑白臺板。然后松開調焦滑座上的緊固螺釘，調節鏡體的高度，使其與所選用的物鏡放大倍數大體一致的工作距離。調好后，須鎖緊緊固螺釘。調焦時，建議選用平面物體，如印有字符的平整紙張、直尺、三角板等。
2、視度調節。
先將倒置金相顯微鏡左右目鏡筒上的視度圈均調至0刻線位置。通常情況下，先從右目鏡筒中觀察。將變倍手輪轉至低倍位置，轉動調焦手輪和視度調節圈對標本進行調節，直至標本的圖像清晰后，再把變倍手輪轉至高倍位置繼續進行調節直到標本的圖像清晰為止，此時，用左目鏡筒觀察，如不清晰則沿軸向調節左目鏡筒上的視度圈，直到標本的圖像清晰為止。
3、瞳距調節。
扳動兩目鏡筒，可以改變兩目鏡筒的出瞳距離。當使用者觀察視場中的兩個圓形視場*重合時，說明瞳距已調節好。應該注意的是由于個體的視力及眼睛的調節差異，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同時間使用同一臺顯微鏡時，應分別進行齊焦調整，以便獲得佳的觀察效果。
無論是更換上光源燈泡，還是更換下光源燈泡，在更換前，請務必將電源開關關上，電源線插頭一定要從電源插座上拔下。當更換上光源燈泡時，先擰出上光源燈箱的滾花螺釘，取下燈箱，然后從燈座上卸下壞燈泡，換上好燈泡，再把燈箱和滾花螺釘裝上即可。
當更換下倒置金相顯微鏡光源燈泡時，需將毛玻璃臺板或黑白臺板，從底座上取出，然后從燈座上取下壞燈泡，換上好燈泡；再把毛玻璃臺板或黑白臺板裝好即可。更換燈泡時，請用干凈的軟布或棉紗將燈泡玻殼擦拭干凈，以照明效果。
